Cyprus joins the list of fully operational NGIs

The Cypriot National Grid Initiative (CyGrid) is the latest NGI to become fully operational, as announced in a broadcast to the EGI community on 8 December.

There were no last minute glitches to report: “Everything was fine the last days, with no problems or issues,” said Andoena Balla, system administrator at CyGrid. The Nagios monitoring system, used to test and access the quality of service, was the last tool to become fully operational. But there is still work to do. For the near future, CyGrid is planning to implement the “migration of all services to glite 3.2,” says Balla. “Also we are planning to buy new servers and provide more resources to our users,” she adds.

Cyprus operates two sites attached to the European Grid Infrastructure and has 13 active users from the fields of Computer Science and Physics. CyGrid’s users run a number of applications listed on their online database. CyGrid is Cyprus’ national resource provider as well as the country’s representative on the EGI.eu council.

The sound of GÉANT ft. The Grid

GÉANT turned ten years and Domenico Vicinanza celebrated the event by using the grid infrastructure to create a birthday song (and ringtone) made of all the names of the NREN partners involved in the project.

Vicinanza, who works at DANTE, used a technique called sonification to turn the partners’ names into a musical tune that feels like the soundtrack of a futuristic fairy-tale. “Sonification, in general terms, is the acoustic counterpart of the graphical data representation,” he explains. “In other words, it is the representation of data or by means of audible information.”

Here is how sonification works: Vicinanza attributed a specific musical note to each letter of the alphabet using the white keys of a piano as a scale. He also assigned duration to the notes – vowels lasted a quaver (1/8) and consonants a semiquaver (1/16). Then, Vicinanza used the data sonification architecture already available on the GILDA infrastructure to run the algorithm. The final result of sonification depends on multiple parameters, such as the duration of the notes, the sounds and timbres, the musical scale or the set of notes. “Using the grid, I had the possibility to easily experiment with several sonifications, changing all the parameters I wanted and having multiple algorithms running at the same time on the grid,” says Vicinanza. “With the help of the grid I could satisfy my artistic need of experimenting with sonification procedures, choosing the one more suitable, processing all of the at the same time and then selecting,” he adds. “Without the grid I would have spent much more time in creating the sonification melodies.”

The birthday song was officially presented to the public on 24 November, at the beginning of the plenary session of GÉANT’s symposium in Vienna. “I really like the result of the sonification,” says Vicinanza. “The melody has some nice regularity, because some of the text own regularities - sonification has the beauty of inheriting them and making them audible.” The GÉANT birthday song was only the beginning and Vicinanza’s plans are ambitious: “I’ll keep writing more songs, continuing experimenting with sonification and artistic application of grid computing,” he says.

GÉANT's birthday song is available as an mp3 file and as a ringtone.

The sound of GÉANT ft. The Grid

GÉANT turned ten years and Domenico Vicinanza celebrated the event by using the grid infrastructure to create a birthday song (and ringtone) made of all the names of the NREN partners involved in the project.

Vicinanza, who works at DANTE, used a technique called sonification to turn the partners’ names into a musical tune that feels like the soundtrack of a futuristic fairy-tale. “Sonification, in general terms, is the acoustic counterpart of the graphical data representation,” he explains. “In other words, it is the representation of data or by means of audible information.”

Here is how sonification works: Vicinanza attributed a specific musical note to each letter of the alphabet using the white keys of a piano as a scale. He also assigned duration to the notes – vowels lasted a quaver (1/8) and consonants a semiquaver (1/16). Then, Vicinanza used the data sonification architecture already available on the GILDA infrastructure to run the algorithm. The final result of sonification depends on multiple parameters, such as the duration of the notes, the sounds and timbres, the musical scale or the set of notes. “Using the grid, I had the possibility to easily experiment with several sonifications, changing all the parameters I wanted and having multiple algorithms running at the same time on the grid,” says Vicinanza. “With the help of the grid I could satisfy my artistic need of experimenting with sonification procedures, choosing the one more suitable, processing all of the at the same time and then selecting,” he adds. “Without the grid I would have spent much more time in creating the sonification melodies.”

The birthday song was officially presented to the public on 24 November, at the beginning of the plenary session of GÉANT’s symposium in Vienna. “I really like the result of the sonification,” says Vicinanza. “The melody has some nice regularity, because some of the text own regularities - sonification has the beauty of inheriting them and making them audible.” The GÉANT birthday song was only the beginning and Vicinanza’s plans are ambitious: “I’ll keep writing more songs, continuing experimenting with sonification and artistic application of grid computing,” he says.

GÉANT's birthday song is available as an mp3 file and as a ringtone.

PRACE Winter 2011 Programming School

The Cyprus Institute, Athalassa Campus, Nicosia, Cyprus

The Computation-based Science and Technology Research Center (CaSToRC) of the Cyprus Institute (CyI), together with the Greek Research and Technology Network (GRNET), are organizing the 2011 Programming Winter School for the Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE-1IP) at the CyI Athalassa Campus in Nicosia, Cyprus, on 24-27 January 2011.

The school is co-organized with the LinkSCEEM-2 project 2011 Advanced Training Workshop. The Winter School is part of the PRACE-1IP project’s Education and Training task, which aims at preparing and initiating a European High Performance Computing (HPC) education and training program for scalable computing. The school is also part of the LinkSCEEM-2 project training activities aiming to prepare the Eastern Mediterranean scientific community for the use of HPC systems.

Online submission of abstracts for the user forum opens

Submissions of extended abstracts for participation in the EGI User Forum 2011 is now open online, The event will take place in Vilnius, Lithuania (11-15 April). EGI, in conjunction with the European Middleware Initiative and Vilnius University, welcomes contributions from the European e-Infrastructure community, and their international collaborators. End-users, application and tool developers as well as operations staff across Europe can submit abstracts for:

  • Oral presentations

  • Posters

  • Demonstrations

  • Workshops

  • Stands for the exhibition area

Accepted abstracts for oral presentations will be published in the conference's abstract book. The programme committee is looking for contributions on topics such as:

  • Current research approaches or results obtained from using e-Infrastructures

  • Domain specific and generic portals that simplify access to e-Infrastructures

  • Experiences from applications ported, developed or deployed with e-Infrastructures

  • End-user environments (tools/portals/gateways) for accessing e-Infrastructure

  • Services or software relating to large-scale data analysis or data-oriented applications on distributed computing infrastructures

  • Provision and support for user-oriented e-Infrastructures

  • Management and/or exploitation of emerging computing technologies (desktops, virtualisation, clouds)

  • Integration, sharing and exploitation of national and international e-Infrastructure

  • Delivery of operational e-Infrastructure services to its users

Abstract submission will end on 17 December.

Online submission of abstracts for the user forum opens

Submissions of extended abstracts for participation in the EGI User Forum 2011 is now open online, The event will take place in Vilnius, Lithuania (11-15 April). EGI, in conjunction with the European Middleware Initiative and Vilnius University, welcomes contributions from the European e-Infrastructure community, and their international collaborators. End-users, application and tool developers as well as operations staff across Europe can submit abstracts for:

  • Oral presentations

  • Posters

  • Demonstrations

  • Workshops

  • Stands for the exhibition area

Accepted abstracts for oral presentations will be published in the conference's abstract book. The programme committee is looking for contributions on topics such as:

  • Current research approaches or results obtained from using e-Infrastructures

  • Domain specific and generic portals that simplify access to e-Infrastructures

  • Experiences from applications ported, developed or deployed with e-Infrastructures

  • End-user environments (tools/portals/gateways) for accessing e-Infrastructure

  • Services or software relating to large-scale data analysis or data-oriented applications on distributed computing infrastructures

  • Provision and support for user-oriented e-Infrastructures

  • Management and/or exploitation of emerging computing technologies (desktops, virtualisation, clouds)

  • Integration, sharing and exploitation of national and international e-Infrastructure

  • Delivery of operational e-Infrastructure services to its users

Abstract submission will end on 17 December.

New major release of the EGI Applications Database

The new release of the EGI Applications Database (AppDB) was announced last Thursday, 18 November, by the AppDB administration team. The Applications Database stores tailor-made applications, ready to be used on the European Grid Infrastructure.

Previously AppDB was in read-only mode. Writing access is still restricted to representatives from the different National Grid Initiatives (NGI), who will register new applications and tools on behalf of their team. The AppDB administration team, based at the Institute of Accelerating Systems and Applications (IASA) in Athens, Greece, welcomes new contributors: “if you want to to gain write access to AppDB on behalf of your NGI, please apply for it in a GGUS ticket, by specifying "AppDB write access request" in the "Short description" field, and stating the NGI you represent in the description field below,” they suggest.

  • Key features of the new AppDB release are:

  • Authenticated, secure write access for users based on the EGI SSO system

  • Linkage of EGI application developer and EGI application user profiles with EGI SSO

  • Expanded profile pages about applications, tools and people

  • Statistical information about applications, tools, and people, with multiple format image export support

  • Support for every EGI middleware (gLite, ARC, UNICORE, Globus)

  • News feed about latest AppDB activities

  • User messaging and system notifications through internal inbox system

The applications database was developed to encourage scientists to use the grid in their research and to avoid duplication of programming and porting efforts across the EGI community.

 

New major release of the EGI Applications Database

The new release of the EGI Applications Database (AppDB) was announced last Thursday, 18 November, by the AppDB administration team. The Applications Database stores tailor-made applications, ready to be used on the European Grid Infrastructure.

Previously AppDB was in read-only mode. Writing access is still restricted to representatives from the different National Grid Initiatives (NGI), who will register new applications and tools on behalf of their team. The AppDB administration team, based at the Institute of Accelerating Systems and Applications (IASA) in Athens, Greece, welcomes new contributors: “if you want to to gain write access to AppDB on behalf of your NGI, please apply for it in a GGUS ticket, by specifying "AppDB write access request" in the "Short description" field, and stating the NGI you represent in the description field below,” they suggest.

  • Key features of the new AppDB release are:

  • Authenticated, secure write access for users based on the EGI SSO system

  • Linkage of EGI application developer and EGI application user profiles with EGI SSO

  • Expanded profile pages about applications, tools and people

  • Statistical information about applications, tools, and people, with multiple format image export support

  • Support for every EGI middleware (gLite, ARC, UNICORE, Globus)

  • News feed about latest AppDB activities

  • User messaging and system notifications through internal inbox system

The applications database was developed to encourage scientists to use the grid in their research and to avoid duplication of programming and porting efforts across the EGI community.

 

Οπτικοποίηση δεδομένων στο User Interface

Βασικό κομμάτι στην διαδικασία της κρίσης των αποτελεσμάτων που προκύπτουν από προσομοιώσεις είναι η οπτικοποίηση των δεδομένων. Υπάρχουν απλά, αλλά και πολύ σύνθετα εργαλεία που κάνουν αυτήν την δουλειά, από μια απλή απόδοση σε αρχεία τύπου JPEG, PNG, EPS, μέχρι 3-D αναπαραστάσεις με δυνατότητα αλληλεπίδρασης.

Για την εκτέλεση προγραμμάτων που απαιτούν την χρήση γραφικών από την γραμμή εντολών του διακομιστή ui.afroditi.hellasgrid.gr, είναι απαραίτητη η χρήση του λογισμικού Xming για χρήστες με περιβάλλον Windows, ενώ για περιβάλλον Linux αρκεί η προσθήκη του ορίσματος -X στην εντολή ssh. Το ίδιο ισχύει και για το περιβάλλον MacOS X, με την διαφορά ότι θα πρέπει να τρέχει το πρόγραμμα Χ11.

Eye of GNOME

Για την απεικόνιση ενός πλήθους από τύπους αρχείων, στον διακομιστή ui.afroditi.hellasgrid.gr είναι εγκατεστημένο το πρόγραμμα Eye of GNOME (eog). Οι υποστηριζόμενοι τύποι είναι:

    * ANI – Animation
    * BMP – Windows Bitmap
    * GIF – Graphics Interchange Format
    * ICO – Windows Icon
    * JPEG – Joint Photographic Experts Group
    * PCX – PC Paintbrush
    * PNG – Portable Network Graphics
    * PNM – Portable Anymap from the PPM Toolkit
    * RAS – Sun Raster
    * SVG – Scalable Vector Graphics
    * TGA – Targa
    * TIFF – Tagged Image File Format
    * WBMP – Wireless Bitmap
    * XBM – X Bitmap
    * XPM – X Pixmap

Η εκτέλεση του προγράμματος γίνεται μέσα από την εντολή:

$ eog file.png

και το περιβάλλον λειτουργία έχει την παρακάτω μορφή.

Eye of GNOME

GV

To GNU gv είναι μια πρόταση από τον open source χώρο που επιτρέπει στον χρήση να περιηγηθεί μέσα σε αρχεία PostScript και PDF σε περιβάλλον X. Προέρχεται από έκδοση του προγράμματος ghostview του Tim Theisen.

Η εκτέλεση του προγράμματος γίνεται μέσα από την εντολή:

$ gv file.pdf

και το περιβάλλον λειτουργία έχει την παρακάτω μορφή.

gv

Βελτιώνοντας τις εφαρμογές: Profiling

Ανάμεσα στα κύρια εργαλεία που χρειάζονται όταν αναπτύσσουμε ή αναβαθμίζουμε ένα πρόγραμμα, εκτός από έναν debugger (αποσφαλματωτή), πρέπει να είναι και ένας profiler (καταγραφέας ή αναλυτής προγράμματος).

Στην καταγραφή (profiling) συλλέγονται πληροφορίες κατά τη διάρκεια της εκτέλεσης ενός προγράμματος, με απώτερο σκοπό να προσδιοριστεί ο χρόνος εκτέλεσης και οι απαιτήσεις μνήμης που έχουν τα επιμέρους κομμάτια ενός προγράμματος. Με αυτήν την διαδικασία μπορεί να αποδοθεί ο χρόνος που προσδίδει στον τελικό χρόνο εκτέλεσης κάθε συνάρτηση ή τμήμα του προγράμματος.

Τα αποτελέσματα αυτά μπορούν να χρησιμοποιηθούν για μια στοχευμένη βελτιστοποίηση έτσι ώστε να δίδεται βάρος στα κομμάτια που πραγματικά αποσπούν σημαντικό χρόνο σε σχέση με λιγότερο χρονοβόρα τμήματα. Φυσικά αυτή η διαδικασία μπορεί να χρησιμοποιηθεί πέρα από τη βελτιστοποίηση και για την σταδιακή παραλληλοποίηση ενός προγράμματος, ξεκινώντας από τα πιο απαιτητικά σε χρόνο και μνήμη τμήματα του προγράμματος, και συνεχίζοντας με τα λιγότερα απαιτητικά. Έτσι, ακόμα και με μια παράλληλη συνάρτηση μπορεί να υπάρξει αισθητή διαφορά στον χρόνο εκτέλεσης.

Γενικά δίδονται εργαλεία καταγραφής από τις συλλογές και τις σουίτες μεταγλωττιστών που χρησιμοποιεί ο προγραμματιστής. Σαν βάση χρησιμοποιείται η πρόταση του ανοικτού λογισμικού gprof από την GNU Compiler Suite, με τους περισσότερους μεταγλωττιστές να βγάζουν αποτελέσματα συμβατά με τον συγκεκριμένο καταγραφέα.

Για να μπορέσει ο compiler να δώσει τις απαραίτητες εντολές στο πρόγραμμα και να παράγει την απαραίτητη πληροφορία που αναφέρεται πιο πάνω, το πρόγραμμα πρέπει να γίνει link και compile με κάποιο συγκεκριμένο FLAG, συνήθως το “-pg” (ανάλογα και με τον μεταγλωττιστή που χρησιμοποιείται). Φυσικά ο χρόνος εκτέλεσης ενός προγράμματος που παράγει δεδομένα profiling, είναι αισθητά πιο αργός σε σχέση με το κανονικό και γενικά ένα εκτελέσιμο που αποδίδει δεδομένα profiling χρησιμοποιείται μόνο για αυτόν τον σκοπό.

Gprof2Dot

Ένα αρκετά απλό και ελκυστικό εργαλείο που αποδίδει εποπτικά την πληροφορία που παράγεται από το profiling μιας εφαρμογής, είναι το Gprof2Dot. Το Gprof2Dot, το οποίο βρίσκεται εγκατεστημένο στον διακομιστή, αναπαριστά σε ένα γράφο (Call Graph) τις εξαρτήσεις και τα ποσοστά του χρόνου εκτέλεσης από κάθε συνάρτηση και μπορεί να τα αποθηκευτεί σε μορφή εικόνας, πχ PNG.

Ένα τυπικό workflow για την ανάλυση κάποιο προγράμματος είναι ο ακόλουθος:

Το αποτέλεσμα μπορείτε να το δείτε απευθείας από την κονσόλα του με την εντολή:

Τυπικό αποτέλεσμα μιας εφαρμογής είναι το ακόλουθο:

Επειδή η καταγραφή λειτουργεί δειγματοληπτικά, διαφορετικές εκτελέσεις της ίδιας εφαρμογής γίνεται να αποδώσουν διαφορετικά αποτελέσματα. Αυτός είναι ένας λόγος που προτείνεται να συγκεντρώνονται και να αναλύονται αποτελέσματα από πολλές εκτελέσεις.

Parallel Profilers

Λόγω της διαφορετικής αρχιτεκτονικής σύνδεσης και υλοποίησης κατανεμημένων υπολογιστικών πόρων, για τα προγράμματα που κάνουν χρήση παραλληλισμού δεν είναι δυνατό οι σειριακοί καταγραφείς να παρέχουν μια έγκυρη εικόνα για τον καταμερισμό την κατανάλωσης των πόρων στα τμήματα του προγράμματος. Για αυτό το σκοπό έχουν δημιουργηθεί ειδικοί καταγραφείς για παράλληλες εφαρμογές. Τυπικά παραδείγματα είναι η ανοιχτού λογισμικού εργαλειοθήκη Scalasca που έχει αναπτυχθεί από το εργαστήριο Jülich και η εμπορική σουίτα Allinea OPT. Οδηγίες χρήσης του παράλληλου καταγραφέα Scalasca στο μπορείτε να βρείτε εδώ.

Χρήσιμοι σύνδεσμοι

* Sourceware.org
* CS Utah
* Linuxtopia