Category Archives: News

LinkSCEEM Roadshow – Thessaloniki User Meeting

Το Κέντρο Επιστημονικών Υπολογιστικών Υπηρεσιών του Α.Π.Θ. σε συνεργασία με το Cyprus Institute σας προσκαλλούν στην ημερίδα του προγράμματος LinkSCEEM που θα λάβει χώρα στο Α.Π.Θ. την Παρασκευή 15 Ιουνίου (09:00-13:00 EEST). Σκοπός της ημερίδας είναι να δοθεί μία περιγραφή των Υπερυπολογιστικών (HPC) υποδομών του LinkSCEEM, οδηγίες για τις διαδικασίες πρόσβασης στις δεδομένες υποδομές και μία σύντομη εισαγωγή στις παρεχόμενες υπηρεσίες.

Πιο αναλυτικά στην ημερίδα θα καλύφθούν τα εξής θέματα:

  • Υπερυπολογιστικά συστήματα (HPC systems) του LinkSCEEM
  • Εκπαιδευτικές δραστηριότητες του προγράμματος LinkSCEEM
  • Πληροφορίες για τις διαδικασίες αίτησης και πρόσβασης ερευνητών σε Υπερυπολογιστικά (HPC) συστήματα
  • Πρακτικές ασκήσεις (hands-on) γύρω από τη χρήση των παρεχόμενων HPC υποδομών

Οποιοσδήποτε ενδιαφέρεται να συμμετέχει στην ημερίδα παρακαλείτε να συμπληρώσει το αργότερο μέχρι την Παρασκευή 8 Ιουνίου τη φόρμα συμμετοχής. Οι ενδιαφερόμενοι θα ενημερωθούν με νεότερο ξεχωριστό μήνυμα για την τοποθεσία της ημερίδας και το πρόγραμμα αυτής.

Οι συμμετέχοντες παρακαλούνται να έχουν μαζί τους ένα laptop για την παρακολούθηση των πρακτικών ασκήσεων (hands-on).

Περισσότερες πληροφορίες για την ημερίδα μπορείτε να βρείτε εδώ.

Ένταξη του Α.Π.Θ. στη παγκόσμια υπολογιστική υποδομή του πειράματος ATLAS του CERN

Την Τετάρτη 14 Δεκεμβρίου 2011 η ομάδα εμπειρογνωμόνων International Computing Board (ICB) του πειράματος ATLAS του CERN έδωσε το πράσινο φως για την ένταξη του κόμβου GR-01-AUTH του Κέντρου Επιστημονικών Υπολογιστικών Υπηρεσιών του Α.Π.Θ. ως Tier-3 κόμβο στη παγκόσμια πλεγματική (Grid) υποδομή του πειράματος ATLAS του LHC.

Η πλήρης ένταξη του κόμβου του Α.Π.Θ. αναμένεται να ολοκληρωθεί ως το τέλος του έτους και θα δώσει στους ερευνητές του Α.Π.Θ. που συμμετέχουν στο πείραμα ATLAS, τη δυνατότητα άμεσης πρόσβασης σε παραγώμενα πειραματικά δεδομένα του πειράματος, ανοίγοντας έτσι νέους ορίζοντες για την ερευνητική τους δραστηριότητα.

Με τη συμπλήρωση 10 ετών από την ημερομηνία έναρξης της λειτουργίας του, ο κόμβος GR-01-AUTH, o οποίος ήταν ο πρώτος κόμβος πλεγματικής υποδομής (Grid) που λειτούργησε στην Ελλάδα, θα αποτελέσει και το πρώτο ελληνικό Tier-3 κόμβο που θα συνδεθεί στην υπολογιστική υποδομή του ATLAS.

Τo Κέντρο Επιστημονικών Υπολογιστικών Υπηρεσιών (K.E.Y.Y.) Α.Π.Θ παρέχει υπολογιστικές υπηρεσίες υψηλών επιδόσεων προς την ερευνητική κοινότητα του Α.Π.Θ. ενώ παράλληλα συμμετέχει ενεργά σε εθνικές και διεθνείς δράσεις σχεδιασμού και υλοποίησης κατανεμημένων & υπερυπολογιστικών υποδομών για την ακαδημαϊκή/ερευνητική κοινότητα.

 

Πληροφορίες:

Ομάδα Φυσικής Υψηλών Ενεργειών – ATLAS
email: Chariclia.Petridou@cern.ch
www: http://www.physics.auth.gr/atlas/

Κέντρο Επιστημονικών Υπολογιστικών Υπηρεσιών Α.Π.Θ.
e-mail: contact@grid.auth.gr
www: http://www.grid.auth.gr

Πληροφορίες για το ετήσιο φόρουμ της κοινότητας μελών του EGI

Το πρώτο κατά σειρά ετήσιο φόρουμ της κοινότητας μελών του EGI (European Grid Infrastructure) θα λάβει χώρα στο Μόναχο της Γερμανίας τον προσεχή Μάρτιο. Το φόρουμ θα πραγματοποιηθεί παράλληλα με το 2ο κατά σειρά EMI Technical Forum και θα συγκεντρώσει έτσι στον ίδιο χώρο μέλη από τις κοινότητες χρηστών ανά επιστημονικό πεδίο και ειδικούς στην ανάπτυξη εργαλείων και υπηρεσιών του μεσολογισμικού της υποδομής.

Στόχος του φόρουμ είναι τόσο η ανάδειξη των ερευνητικών δραστηριοτήτων των χρηστών της υποδομής EGI όσο και η ενημέρωση συνολικά της κοινότητας χρηστών περί των τελευταίων εξελίξεων σε εργαλεία, υπηρεσίες και διαθέσιμες τεχνολογίες. Οι διοργανωτές του φόρουμ προσκαλλούν όσα μέλη της κοινότητας επιθυμούν να παρουσιάσουν την ερευνητική τους δραστηριότητα και το πώς επωφελήθηκαν από την υποδομή EGI και τις παρεχόμενες υπηρεσίες, να υποβάλλουν περίληψη (abstract) της εργασίας τους μέχρι τις 2 Δεκεμβρίου 2011. Περισσότερες πληροφορίες μπορούν να βρούν οι ενδιαφερόμενοι εδώ.

Ανοιχτή πρόσκληση υποβολής προτάσεων για πρόσβαση στην υποδομή PRACE

Στα πλαίσια του προγράμματος PRACE-1IP λειτουργεί συνεχόμενη ανοιχτή πρόσκληση (τύπου C), μέσω της οποίας δίνεται πρόσβαση στην Ευρωπαϊκή υπερυπολογιστική υποδομή επιπέδου Tier-0, για τη μεταφορά και εκτέλεση επιστημονικών εφαρμογών/μοντέλων.

Η υποδομή Tier-0 αποτελείται από τις υπερυπολογιστικές συστοιχίες:

  • Jugene (IBM Blue Gene/P) στο Jülich της Γερμανίας και
  • Curie (Bullx x86_64 cluster) στο Κέντρο ερευνών CEA στη Γαλλία.

Η πρόσκληση τύπου C αφορά στην ανάπτυξη κώδικα με την υποστήριξη από ειδικούς του PRACE και μέσω αυτής προσφέρονται εώς και 250.000 core hours στο Jugene και έως 200.000 core hours στο Curie ανά project.

Η συγκεκριμένη πρόσκληση αποσκοπεί στη δοκιμή και ανάπτυξη κώδικα για τη προετοιμασία εφαρμογών και όχι στην εκτέλεση εφαρμογών σε επίπεδο παραγωγής (production runs). Για την αξιολόγηση των προτάσεων είναι απαραίτητη αναλυτική περιγραφή των σημείων συμφόρησης (bottlenecks) του κάθε κώδικα καθώς επίσης και το προτεινόμενο πλάνο εργασίας.

Εφόσον ενδιαφέρεστε μπορείτε να επικοινωνήσετε με το KEEY Α.Π.Θ. για περισσότερες πληροφορίες.

Σχολείο εκμάθησης ανάπτυξης επιστημονικού λογισμικού

To Ερευνητικό Κέντρο Θεωρητικής Φυσικής Abdus Salam (ICTP) στην Τεργέστη της Ιταλίας διοργανώνει κατά το διάστημα 20 Φεβρουαρίου – 2 Μαρτίου 2012 ένα προχωρημένο σχολείο εκμάθησης τεχνολογιών πληροφορικής για την ανάπτυξη επιστημονικού λογισμικού.

Περισσότερες πληροφορίες για τη διαδικασία αίτησης συμμετοχής και το πρόγραμμα μπορούν να βρουν οι ενδιαφερόμενοι στην επίσημη σελίδα του σχολείου.

Ανακοίνωση προγράμματος Guest Student Programme

Το υπερυπολογιστικό Κέντρο Juelich στη Γερμανία (Juelich Supercomputing Centre), προσκαλεί και φέτος ενδιαφερόμενους φοιτητές να δηλώσουν συμμετοχή για το Guest Student Programme που θα λάβει χώρα κατά το διάστημα 1 Αυγούστου 2011 – 7 Οκτωβρίου 2011 (10 εβδομάδες).

Στόχος του προγράμματος Guest Student Programme είναι να έρθουν σε επαφή με το χώρο του scientific computing νέοι επιστήμονες από τους χώρους της μηχανικής, των θετικών επιστημών και της πληροφορικής και να εμβαθύνουν τις γνώσεις τους σε θέματα παράλληλου προγραμματισμού, παράλληλων αλγορίθμων, διαχείρισης και οπτικοποίησης δεδομένων και υπερυπολογιστικών υποδομών γενικότερα, ανάλογα με τα ενδιαφέροντά τους.

Η επίσημη γλώσσα του προγράμματος είναι τα Αγγλικά. Η προθεσμία αίτησης συμμετοχής είναι 13 Μαϊου 2011 και οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να βρουν περισσότερες πληροφορίες για το πρόγραμμα και τη διαδικασία αίτησης συμμετοχής στην επίσημη σελίδα του προγράμματος.

Εντυπώσεις από το EGI User Forum 2011

Την προηγούμενη εβδομάδα διεξήχθει στο Vilnius της Λιθουανίας το EGI User Forum παράλληλα με το EMI Technical Forum. Το EGI (European Grid Infrastructure) είναι η αρχή διαχείρισης της πανευρωπαϊκής υπολογιστικής και αποθηκευτικής υποδομής ενώ το EMI (European Middleware Initiave) είναι η αρχή ανάπτυξης του μεσολογισμικού για τη χρήση κατανεμημένων υποδομών τύπου Grid, Cloud και HPC στην Ευρώπη. Το συνέδριο έδωσε τη δυνατότητα σε Ευρωπαίους ερευνητές να μοιραστούν την εμπειρία τους από τη χρήση κατανεμημένων υποδομών, να δημοσιεύσουν τα αποτελέσματα της έρευνάς τους και να ενημερωθούν για τις τελευταίες εξελίξεις σε θέματα υπολογιστικών υποδομών, κυρίως τύπων Grid και Cloud, και του ενδιάμεσου μεσολογισμικού.

Σε σχέση με το τελευταίο η κοινότητα αναμένει με ανυπομονησία τo EMI-1.0 release που θα περιλαμβάνει υπάρχοντα και νέα εργαλεία για την υποβολή και διαχείριση εργασιών και για τη διαχείριση δεδομένων σε κατανεμημένους αποθηκευτικούς πόρους. Η φιλοδοξία και η προοπτική που δίνει το ίδιο το EMI είναι ότι η αναμενόμενη έκδοση 1.0 θα μπορεί να εφαρμοστεί παράλληλα σε Grid, Cloud και HPC υποδομές έτσι ώστε οι χρήστες να έχουν τη δυνατότητα ανάλογα με τα δικαιώματα πρόσβασης που διαθέτουν στις διάφορες υποδομές απο ένα εννιαίο περιβάλλον να μπορούν να διαχειρίζονται εργασίες και δεδομένα ανεξάρτητα από το άν αυτά βρίσκονται σε Grid, Cloud ή πιο “κλασσικές” HPC πλατφόρμες.

Η ομάδα του Κέντρου Επιστημονικών Υπολογιστικών Υπηρεσιών παρουσίασε στα πλαίσια του EGI User Forum το morph, ένα νέο εργαλείο που αναπτύσσει για την υποβολή παραμετρικών εργασιών. Χρησιμοποιώντας το morph έναντι των εργαλείων του gLite για την υποβολή παραμετρικών εργασιών οι επι μέρους εργασίες που αποτυνχάνουν επαναυποβάλλονται αυτομάτως προς εκτέλεση χωρίς ο χρήστης να χρειάζεται να τις ξεχωρίσει μία προς μία και να τις υποβάλλει εκ νέου. Η χρήση της υπηρεσίας morph για την υποβολή παραμετρικών εργασιών αποτελεί λοιπόν έναν εγγυημένο τρόπο ώστε όλες οι επιμέρους παραμετρικές εργασίες να ολοκληρωθούν επιτυχώς. Περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με την υπηρεσία, που βρίσκεται στο στάδιο της ανάπτυξης, μπορούν οι ενδιαφερόμενοι να βρουν εδώ.

Νεότερα σχετικά με το μηχανισμό MPI-Start

Η πολυπληθία εκδόσεων της βιβλιοθήκης MPI, καθώς επίσης και οι διάφορες υλοποίησεις που λειτουργούν σε υπολογιστικές συστοιχίες ή υπερυπολογιστές στην Ευρώπη έχει προκαλέσει έναν εύλογο προβληματισμό στην ομάδα ανάπτυξης μεσολογισμικού του EMI (European Middleware Initiative) ως προς το ποιά υλοποίηση είναι πιο απλή για τους χρήστες, στην εκτέλεση παράλληλων εφαρμογών βασισμένες στο πρωτόκολλο MPI.

Στα πλαίσια του EGI User Forum 2011 η ομάδα εργασίας εργαλείων παράλληλου προγραμματισμού του EMI παρουσίασε την προοπτική της αποδεχόμενη το μηχανισμό MPI-Start, που ήδη υλοποιείται και χρησιμοποιείται από το μεσολογισμικό gLite ως ένα εννιαίο εργαλείο για όλους τους Ευρωπαίους χρήστες των μεσολογισμικών ARC, gLite και UNICORE. Πρακτικά, αυτό σημαίνει ότι χωρίς σημαντικές αλλαγές στον τρόπο υποβολής των MPI εργασιών, οι Έλληνες χρήστες πλεγματικών υποδομών (όπου χρησιμοποιείται το μεσολογισμικό gLite) με ελάχιστες ή και καθόλου αλλαγές στα script υποβολής θα μπορούν να εκτελούν με τον ίδιο μηχανισμό τις παράλληλες εφαρμογές τους και σε επιπλέον υπολογιστικούς πόρους (είτε τύπου Grid είτε τύπου HPC) μέσω των μεσολογισμικών ARC και UNICORE. Μάλιστα η ομάδα εργασίας του EMI πρόκειται άμεσα να επεκτείνει το μηχανισμό MPI-Start ώστε να συμπεριλαμβάνονται σε αυτόν οι δυνατότητες υποβολής OpenMP ή υβριδικών MPI+OpenMP εργασιών.

Περισσότερες πληροφορίες για το περιβάλλον υποβολής παράλληλων εργασιών MPI με το μηχανισμό MPI-Start μπορείτε να δείτε παρακολουθώντας το σχετικό screencast.

Σχολείο κατάρτισης σε HPC εργαλεία και τεχνικές

Στις 29-31 Μαρτίου πρόκειται να πραγματοποιηθεί στο Εδιμβούργο της Σκωτίας το DEISA/PRACE Spring School. Στα πλαίσια του σχολείου θα αναπτυχθούν και θα παρουσιαστούν θέματα HPC (High Performance Computing) όπως εργαλεία και τεχνικές προγραμματισμού για τη καλύτερη δυνατή κλιμάκωση εφαρμογών σε υπερυπολογιστικές υποδομές.

Το πρόγραμμα του σχολείου έχει ήδη αναρτηθεί ενώ όσοι ενδιαφέρονται μπορούν να συμπληρώσουν τη φόρμα αίτησης συμμετοχής εδώ.

Παράλληλα σας ενημερώνουμε ότι στα πλαίσια του έργου DEISA πρόκειται να καλυφθούν έξοδα έως 750 ευρώ για νέους ερευνητές που εργάζονται στην Ελλάδα και δραστηριοποιούνται στο χώρο της παραλληλίας εφαρμογών για υπολογιστές υψηλών επιδόσεων. Οι ενδιαφερόμενοι καλούνται το αργότερο στις 14 Φεβρουαρίου να αποστείλουν ένα σύντομο βιογραφικό, μία περιγραφή του ερευνητικού τους αντικειμένου και μία σύντομη αιτιολόγηση της επιθυμίας τους να παρακολουθήσουν το Spring School (εν είδει letter of intent).

Οπτικοποίηση δεδομένων στο User Interface

Βασικό κομμάτι στην διαδικασία της κρίσης των αποτελεσμάτων που προκύπτουν από προσομοιώσεις είναι η οπτικοποίηση των δεδομένων. Υπάρχουν απλά, αλλά και πολύ σύνθετα εργαλεία που κάνουν αυτήν την δουλειά, από μια απλή απόδοση σε αρχεία τύπου JPEG, PNG, EPS, μέχρι 3-D αναπαραστάσεις με δυνατότητα αλληλεπίδρασης.

Για την εκτέλεση προγραμμάτων που απαιτούν την χρήση γραφικών από την γραμμή εντολών του διακομιστή ui.afroditi.hellasgrid.gr, είναι απαραίτητη η χρήση του λογισμικού Xming για χρήστες με περιβάλλον Windows, ενώ για περιβάλλον Linux αρκεί η προσθήκη του ορίσματος -X στην εντολή ssh. Το ίδιο ισχύει και για το περιβάλλον MacOS X, με την διαφορά ότι θα πρέπει να τρέχει το πρόγραμμα Χ11.

Eye of GNOME

Για την απεικόνιση ενός πλήθους από τύπους αρχείων, στον διακομιστή ui.afroditi.hellasgrid.gr είναι εγκατεστημένο το πρόγραμμα Eye of GNOME (eog). Οι υποστηριζόμενοι τύποι είναι:

    * ANI – Animation
    * BMP – Windows Bitmap
    * GIF – Graphics Interchange Format
    * ICO – Windows Icon
    * JPEG – Joint Photographic Experts Group
    * PCX – PC Paintbrush
    * PNG – Portable Network Graphics
    * PNM – Portable Anymap from the PPM Toolkit
    * RAS – Sun Raster
    * SVG – Scalable Vector Graphics
    * TGA – Targa
    * TIFF – Tagged Image File Format
    * WBMP – Wireless Bitmap
    * XBM – X Bitmap
    * XPM – X Pixmap

Η εκτέλεση του προγράμματος γίνεται μέσα από την εντολή:

$ eog file.png

και το περιβάλλον λειτουργία έχει την παρακάτω μορφή.

Eye of GNOME

GV

To GNU gv είναι μια πρόταση από τον open source χώρο που επιτρέπει στον χρήση να περιηγηθεί μέσα σε αρχεία PostScript και PDF σε περιβάλλον X. Προέρχεται από έκδοση του προγράμματος ghostview του Tim Theisen.

Η εκτέλεση του προγράμματος γίνεται μέσα από την εντολή:

$ gv file.pdf

και το περιβάλλον λειτουργία έχει την παρακάτω μορφή.

gv